深圳市南山区疾病预防控制中心于2004年6月在原深圳市南山区卫生防疫站的基础上组建成立，是由深圳市南山区政府举办的实施疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的公益性事业单位，全区193.3平方公里，服务人口超过120万人。其主要职责是负责南山区疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导。中心同时加挂 深圳市南山区卫生检验中心 的牌子。 中心拥有一支高学历、高职称年轻有为奋发向上的专业技术队伍，为开展食品卫生监测、环境卫生监测、职业卫生监测、学校卫生监测、预防性卫生学评价、疾病控制、免疫、消毒、控制病媒生物、健康教育、健康检查、科研等工作提供了强有力的保障。中心人员现有正式职工67人，各类专业技术人员59人，占职工总数的88.06 % 。其中博士2人、硕士9人、本科30人、大专14人，分别占专业技术人员3.39%、15.25%、50.85%、23.73%;目前有正高4人、副高11人、中级20人，分别占专业技术人员6.78%、18.64 % 、33.90 % 。 中心设有办公室、 业务管理科 、财务科、总务科 、卫生监测一科、 卫生监测二科、职业卫生科、疾病控制科、艾滋病防治科、微生物检验科、理化检验科、健康教育科、体检科、预防性卫生学评价科等 14 个科室。 中心在1992年通过省计量认证， 2001 年通过中国实验室国家认可、ISO9001 质量认证， 2001年档案综合管理晋升为省特级单位，2003 年获省卫生监督检验检测机构认定。通过实验室国家认可、计量认证、省卫生监督检验检测机构认定的检测领域包括食品、化妆品、涉水产品、消毒产品、空气、生物样品、疾病控制等。 中心重视检测能力的建设，不断加大实验室硬件设施的投入，卫生检测水平得到持续提高。中心重视规范化、标准化建设和质量管理工作，实验室国家认可项目达到365项，中心还在持续扩大实验室国家认可项目，努力把卫生检测提高到新的水平，以适应社会发展和客户的需要。 中心重视对专业技术人员的继续教育与科研工作，每年培训经费均超过100万元。近年来，先后选送专业技术骨干8人到美国、英国、澳大利亚等国家进修学习，并从北京大学、中山大学、四川大学、中南大学等全国重点高等院校引进了一批高素质专业技术人才。中心充分利用现有技术和设备优势，全面加强与国内外有关科研机构、大专院校及有关单位的合作。中心是北京大学、中山大学、四川大学、中南大学、江西宜春学院等全国重点高等院校教学科研基地。近4年来，培养研究生5名，本科生120余名。获省、市、区立项科研课题20余项，其中有2项科研成果获深圳市科技进步三等奖。 中心现有办公和实验场所7665 平方米 ，其中实验室的使用面积为2500 平方米。中心现拥有固定资产（不含中心办公大楼）近3000万元，主要仪器设备有：光谱／质谱仪、高效液相色谱仪、气相色谱仪、原子吸收分光光度计、离子色谱仪、自动电位滴定仪、原子荧光光度计、荧光数码显微镜、气质联用仪、原子吸收光谱仪、自动细菌鉴定、DNA/RNA 扩增仪、低温超速离心机、 MINI-VADAS 自动免疫分析仪等一批先进仪器（其中 5 万元人民币以上仪器设备有50台）。中心实验室是南山区重点医学实验室。中心各项卫生防病检测、业务管理和内部管理基本实行计算机信息化管理。 近几年来，中心不断加强了信息化建设，建立了外网和内网，开发、应用了卫生检验综合管理系统、卫生标准全文检索系统、公文检索管理系统、健康证自动办证与查询系统，办公自动化在持续完善中。
